乙腦僅分布在亞洲。在我國疫區(qū)分布在蘭州---長春連線以南的廣大的地區(qū)內(nèi)，僅東北北部、青海、新疆及西藏等地未見本病報告。

本病有嚴格的季節(jié)性80～90%的病例都集中在7、8、9三個月內(nèi)。但隨地理環(huán)境的不同，流行季節(jié)略有上下華南地區(qū)的流行高峰在6～7月，華北地區(qū)為 7～8月，而東北地區(qū)則為8～9月，均與蚊蟲密度曲線相一致。

氣溫和雨量與本病的流行也有密切關(guān)系。乙腦呈高度散發(fā)性，同一家庭同時有兩個患者罕見。