正常睪丸位于陰囊內(nèi)，陰囊壁能調(diào)理部分溫度使其略低于體溫，以維持睪丸的正常功用。隱睪則受情況相對高溫的影響，加上先天的發(fā)育不全要素，因此睪丸發(fā)育阻滯、生精密胞數(shù)目削減且成熟度差，曲精密管發(fā)育不全，間質(zhì)纖維化，各類細胞退行性轉(zhuǎn)變等組織病變。

并且發(fā)現(xiàn)單側(cè)隱睪的對側(cè)陰囊睪丸，亦早期存在相同的組織學(xué)病變，故常使單側(cè)隱睪者不育。病變發(fā)生的時間并不一致，近年研究發(fā)現(xiàn)生命第1年中隱睪與正常睪,二者基本沒有區(qū)別，從第3年起（即2足歲后）存在輕度病理改變，3歲后明顯，以后隨著年齡增長而病理改變越趨嚴(yán)重,精子形成過程障礙,最后造成不育。據(jù)調(diào)查雙側(cè)隱睪70~100%無生育力,亦可有男性內(nèi)分泌不足的現(xiàn)象，治療后生育率亦僅40~50%。單側(cè)隱睪60~85％生育力低下或不育，治療后生育力可達60~80%。

位置不正常的睪丸，尤其位于腹膜后者，發(fā)生腫瘤的機會為正常睪丸的30~50倍,睪丸腫瘤中8~15%發(fā)生于隱睪，高發(fā)年齡在25~35歲。隱睪惡變的原因，可能與年齡增大，睪丸位置，環(huán)境溫度，生精上皮萎縮，激素失衡等有關(guān)，早期治療可減少這種危險。

同時專家還指出，由于睪丸位于腹股溝管內(nèi)或恥骨結(jié)節(jié)附近，比較表淺、固定、容易受到直接損傷，精索扭轉(zhuǎn)的發(fā)生率亦高。