病毒性腸炎一般不需病原治療，可自愈。細菌性腸炎的用藥分為三大類，其一是對癥治療的藥物，包括：①止瀉藥（蒙脫石散等）；②解痙藥（顛茄片等）；③退熱藥（布洛芬等）；其二是對因治療藥物：抗生素（能獲得準確的致病菌的敏感藥是最佳的，其次針對細菌性痢疾可選用頭孢他啶、或鹽酸左氧氟沙星；針對志賀菌可用磺胺類、氨芐青霉素、氯霉素、黃連素等；當不能確定病原體時，可用氟喹諾酮類藥物氟哌酸；如果是耐藥菌引起細菌性腸炎，最好應用2種或2種以上的藥物治療）；其三是護理及輔助支持用藥：包括口服補液鹽（該藥包含主要成份葡萄糖11克、氯化鈉1。75克、氯化鉀0。75克、碳，臨用時，將其溶于500毫升溫水中，一般每日服用3000毫升，直至腹瀉停止），益生菌（包括雙歧桿菌三聯(lián)活菌膠囊、枯草桿菌、布拉氏酵母菌散等），消化酶等藥物。除了上述三種藥物之外，中國傳統(tǒng)醫(yī)學—中醫(yī)藥物在某些情況療效也是不錯，如由吳茱萸、蒼術、丁香、白胡椒等藥物制成的敷貼用藥等。