尖銳濕疣主要根據(jù)臨床表現(xiàn)，特別是典型皮損，如生殖器部位的CA呈乳頭狀、菜花狀或雞冠狀，結合多數(shù)患者有不潔性史、婚外性行為史或配偶感染史等診斷生殖器疣不難。

不典型者或發(fā)病部位特殊者可作5%醋酸白試驗、組織病理檢查、PCR或核酸雜交等輔助檢測，以便確診。

1.根據(jù)醋酸白試驗鑒別診斷尖銳濕疣：外觀不典型的疣體，可結合醋酸白試驗來鑒別診斷（這個試驗自己在家就可以做）。方法為：準備3%－5%的醋酸（食用白醋的濃度是4%－6%，可以作為尖銳濕疣鑒別液使用）。將浸透白醋的紗布或紙巾，敷到長出來的增生物上，過３－5分鐘后觀察突起是否變白（肛周部位的疣體需要10－15分鐘）。如果出現(xiàn)增生物明顯變白為陽性反應，這種情況下就可以診斷為尖銳濕疣。

2.做病理學檢查來診斷是否是尖銳濕疣：如果外觀既不典型，醋酸白試驗后呈陽性也不明顯，可以針對這個增生物做個病理學檢查來確診。尖銳濕疣的特征性細胞是凹空細胞，若能通過組織病理查出有診斷性的凹空細胞，就可以確診為尖銳濕疣。

尖銳濕疣主要和陰莖系帶旁丘疹、二期梅毒疹——扁平濕疣、鮑恩樣丘疹病、陰莖珍珠樣丘疹和女性假性濕疣、Fordyce病、生殖器汗管瘤、鱗癌以及陰部傳染性軟疣詳相鑒別診斷。