傳說苗族醫(yī)藥學起源于母系氏族社會，經(jīng)過幾千年的發(fā)展成為了現(xiàn)在比較成熟的苗醫(yī)理論，在1985年中央發(fā)出搶救民族醫(yī)藥學遺產(chǎn)的號召以來，苗醫(yī)有受到了重視。

湖南省湘西土家族苗族自治州花垣縣有個祖?zhèn)靼舜�的著名苗醫(yī)大師，名叫龍玉六，他在生前根據(jù)對小時師父畫像的回憶，復(fù)制了一張“喔登嘎像”，他用漢話解釋為“母藥王像”。其畫像是一個古老時代的女人，皮膚有毛，上身裸露，下穿樹葉，垂乳，赤腳，手持醫(yī)具，充分表現(xiàn)了為子孫后代祛病保身的慈母之心，也表現(xiàn)了苗族人對本民族醫(yī)藥學淵源的追溯之意。用社會發(fā)展的眼光來看，苗族的母系氏族早于父系氏族一兩千年。在這漫長的年代里，由于母親對子女后代的病痛傷損問題思想負擔最重，當然她們就會首先研究醫(yī)藥，并會有所發(fā)現(xiàn)、發(fā)明、發(fā)展和更新，這是苗族醫(yī)藥學發(fā)源的必然規(guī)律。

苗醫(yī)認為他們的始祖是喔爸嘎(意為公藥王或藥王爺爺)，能飛行于山谷之間“岔芮岔嘎”，口嘗百草等，與“神農(nóng)嘗百草以制醫(yī)藥”類同，也與《山海經(jīng)》記載的“十巫”采藥為醫(yī)同意。西漢劉向在《說菀》中所說的“古之為醫(yī)者曰苗父”的“為醫(yī)者”，是講以行醫(yī)為主要職業(yè)的人;“苗父”，則是指苗族中有較高醫(yī)藥學術(shù)水平的苗族老人，如“公藥王”、“藥王爺爺”、“巫彭”及“十巫”之類著名的苗醫(yī)始祖。而“苗父”，也絕不是單指某一個人，而是對多個老苗醫(yī)的統(tǒng)稱。

九黎部落在蚩尤為首領(lǐng)的時期，以農(nóng)業(yè)為主的社會經(jīng)濟初具規(guī)模。尤其在山東至河南一帶，出現(xiàn)了具有古城市氣派的繁華景象。因此才引起黃河上游甘陜黃土高原之炎帝部落和黃帝部落的東進，從而才發(fā)生多次較持久的九黎部落與炎、黃部落的戰(zhàn)爭。在這些戰(zhàn)爭過程中，苗族早期的醫(yī)藥學不但能發(fā)揮一定的治療作用，而且其本身也可得到較快的發(fā)展�！墩f文》云：“古者，巫彭初作醫(yī)”�！渡胶＝�(jīng)·大荒西經(jīng)》云：“大荒之中……有靈山。巫咸，巫即、巫盼、巫彭、巫姑、巫真、巫禮、巫抵、巫謝、巫羅十巫，從此升降，百藥爰在”�！渡胶＝�(jīng)·海外西經(jīng)》云：“巫咸國在女丑北，右手操青蛇，左手操赤蛇，在登葆山，群巫所上下也”�！渡胶＝�(jīng)·海內(nèi)西經(jīng)》又云：“開明東有巫彭、巫抵、巫陽、巫履、巫凡、巫相、夾XX窳(qǐ yǔ)之尸，皆操不死藥以拒之”�！渡胶＝�(jīng)·圖贊》云：“群有十巫，巫咸所統(tǒng)，經(jīng)技是搜，術(shù)XX是綜，采藥靈山，隨時登峰”�！妒辣尽吩疲�“巫彭作醫(yī)”;《呂氏春秋·勿躬》也云：“巫彭作醫(yī)”;《說文)云：“古者，巫咸初作巫”;西漢劉向《說菀》云：“吾聞古之為醫(yī)者曰苗父。苗父之為醫(yī)也，以營為席，以芻為狗，北面而視，發(fā)十言耳。諸扶之而來者，舉而來者，皆平復(fù)如故”;《列子》云：“黃帝時，有神巫，自齊來，處于鄭，命巫咸”;《太平御覽》卷七九引《歸藏》云：“黃神與炎神爭斗涿鹿之野，將戰(zhàn)，筮于巫咸。巫咸曰：‘果哉而有咎’。”從這些經(jīng)史文獻來看，一方面足以說明巫彭、巫咸等眾苗父都是九黎部落時的苗族醫(yī)藥先祖;另一方面也反映了他們不畏艱險，敢與青蛇、赤蛇等天敵搏斗，升降于險山峻嶺之間采藥，以及精心為各類輕重病人治療的動人場面;還反映他們的醫(yī)療質(zhì)量也達到能使輕重病人“皆平復(fù)如故”的高妙程度。這與苗族民間傳說的喔爸嘎長年飛越于惡山陡水之間，嘗遍千蟲百草，精心研制醫(yī)藥，治愈十萬八千個患病痛災(zāi)星的“代熊代夷”(苗族于孫)，基本是一個類型。

“三苗”時期，苗族醫(yī)藥學出現(xiàn)了革新的勢頭。湘西《苗族歷史討論會論文集·湖南城步苗族族源試探》說，阿濮仆僮和歡兜都是首先開采辰砂染衣、為藥的革新人物。