急性腹瀉的病因可簡單歸納為以下四類。第一大類病因為腸道疾病，如病毒、細菌、真菌、原蟲、蠕蟲等感染引起的腸炎及急性出血性壞死性腸炎，克羅恩病或潰瘍性結(jié)腸炎急性發(fā)作，急性缺血性腸病，抗生素使用不當所致的抗生素相關(guān)性小腸、結(jié)腸炎等；第二大類病因為急性中毒，包括食用植物性毒物、動物性毒物及化學性毒物三類，如食用毒蕈、桐油、河豚、魚膽、砷、磷、鉛、汞等均可引起急性腹瀉；第三大類病因為全身感染，如敗血癥、傷寒或副傷寒、霍亂與副霍亂、流行性感冒、鉤端螺旋體病、麻疹等亦可引起急性腹瀉；第四類為其他少見病因，如變態(tài)反應(yīng)性腸炎、過敏性紫癜等變態(tài)反應(yīng)性疾病，腎上腺皮質(zhì)功能減退危象、甲狀腺危象等內(nèi)分泌疾病以及服用某些藥物如氟尿嘧啶、利血平及新斯的明等。而其中最常見的病因為腸道感染，包括侵襲性大腸埃希菌、空腸彎曲菌、耶爾森菌、鼠傷寒桿菌、金黃色葡萄球菌、難辨梭狀芽孢桿菌等細菌感染，輪狀病毒、諾如病毒等病毒感染，白色念珠菌等真菌感染，以及各種原蟲及蠕蟲等感染。